Vzniku hudobného školstva v Skalici predchádzala bohatá tradícia hudobného života v minulosti. Kronika mesta uvádza, že už začiatkom 17. storočia pôsobili v Skalici hudobníci z blízkeho okolia. Tu je treba pripomenúť vynikajúceho hudobníka a skladateľa Paulína Bajana, ktorého učiteľom bol skalický organista Vavrinec Ištvanský. V 2. polovici 19. storočia pôsobil v Skalici hudobník Hynek Kohout. Z historických prameňov mesta Skalice sa dozvedáme o prvých pokusoch systematickej výučby hudby a spevu na školách. V Skalici to bolo u Františkánov, ktorí mali od r. 1627 strednú školu pre výchovu kňazského dorastu. Jezuiti, ktorí prišli do Skalice v r. 1660, založili už v r. 1665 strednú školu – Gymnázium, kde hudba a spev tvorili základnú výchovnú náplň. Gymnázium bolo jedným z miest, kde sa vyučovalo hudbe a spevu. Po veľkom požiari v Skalici v r. 1729 pri výstavbe novej budovy Gymnázia postavili tiež novú budovu pre hudobnú školu (aedifícium musicórum). Učiteľmi hudby boli predovšetkým regenschori a organisti jezuitského kostola, ktorí okrem vyučovania pripravovali a viedli hudobné produkcie na kostolnom chóre.

V roku 1880 založili opäť na Gymnáziu samostatnú hudobnú školu, na ktorej sa učili študenti Gymnázia hrať na husliach, klavíri a na harmóniu. Školu viedol syn Hynka Kohouta – Václav, ktorý bo tiež učiteľom na ľudovej škole.

Hudobnosť národa mala hlboké korene v prirodzenom nadaní a spevnosti prostých ľudí miest a vidieka. Rozvíjali ich ľudoví hudobníci – samoukovia, podporovaní kantormi – učiteľmi ľudových škôl. Všetky pokusy o sústavnú výchovu hudobníkov vychádzali vždy len z praktických potrieb a zahrňovali preto len úzky okruh záujemcov z radov študentov Gymnázia a detí majetnejších vrstiev obyvateľov mesta. Založením hudobnej školy Matice Slovenskej v r. 1921 mohol byť tento okruh záujemcov o štúdium hudby rozšírený. Prvým správcom – riaditeľom tejto školy bol ustanovený Jaroslav Zmitko, ktorý vyučoval hru na klavír a spev. Hudobnú školu navštevovalo viac ako 80 žiakov zo Skalice, z Holíča  i z okolitých dedín. Účel školy nebol teda len miestny, škola slúžila záujemcom z celého okolia. Príčinou zlej finančnej situácie bol však nedostatok subvencií – škola nedostala od r. 1924 od štátu ani župy žiadnej podpory. Správca školy podal rezignáciu a miestny odpor Matice Slovenskej ho zbavil funkcie pre zlé vedenie školy. Novým správcom bol menovaný od menovaný od nového školského 1926/27 Arne Novák. Činnosť hudobnej školy Matice Slovenskej v Skalici bola pomerne krátka – necelých 10 rokov. Za tú dobu sa niekoľko raz vystriedalo vedenie školy i vyučujúci. Všetci pracovníci školy však boli výbornými hudobníkmi a plne sa zapájali do skalického hudobného života. Najdlhšie pôsobil v Skalici J. Zmitko a R. Zelík, ktorý tu pôsobil ako organista a súkromný učiteľ hudby viac ako 20 rokov. V rokoch 1946-48 vznikla Hudobná a baletná škola. Jej základom sa stala súkromná hudobná škola skalického hudobníka Antonína Skoupila. V roku 1950 bol založený Mestský hudobný ústav, ktorý bol už riadený Povereníctvom školstva, kultúry a vedy v Bratislave. Riaditeľom bol Valentín Petránek, učiteľmi boli A. Skoupil, V. Prokopius a J. Vejražková. Prvým kvalifikovaným riaditeľom bol ustanovený až od roku 1952 Ján Králik, ktorý viedol školu dva roky. Po stránke organizačnej i hospodárskej sa rozšírila škola za tieto dva roky do nevídaných rozmerov. Počet vyučujúcich sa rozrástol až na desať, ktorí boli väčšinou nekvalifikovaní a pôsobili na škole ako externí pracovníci. Jedným z nich bol i Jozef Hrivňák, známy skalický hudobník, ktorý vychoval v Skalici dobrých hudobníkov na dychové nástroje. Hudobná škola bola umiestnená od roku 1952 v priestoroch Františkánskeho kláštora. Učitelia, ako externí pracovníci mali svoje hlavné zamestnanie, ktoré sa často nezhodovalo so záujmami žiakov a školy. Záver bol ten, že koncom školského roka 1953/54 odišli zo školy všetci vyučujúci, ba i riaditeľ. Po inšpekcii na hudobnej škole bol ustanovený novým riaditeľom hudobný skladateľ Július Kowalski. Jeho úlohou bolo zaistiť pre školu nových učiteľov a zaviesť na škole riadne vyučovanie podľa schválených osnov. Vyučovalo sa hre na husle, klavíri a harmonike. V roku 1956 nastupuje nový riaditeľ Petr Kreml – absolvent Konzervatória a JAMU v Brne. Počas prvých piatich rokov zostáva učiteľský zbor bez veľkých zmien. Zvýšil sa počet interných učiteľov na päť pracovníkov. Plánovitý rozvoj jednotlivých tried umožňoval vytvorenie husľového, harmonikového a tiež miešaného súboru, ktoré dobre reprezentovalo školu na verejnosti. Významnou udalosťou v živote školy boli koncerty družby s hudobnou školou v Pezinku a hudobnou školou v Mikulove.  

Podľa nového školského zákona z roku 1961 bola uskutočnená prestavba hudobných škôl na tzv. Ľudové školy umenia. Tento nový typ škôl tvoril základ a najnižší stupeň nášho umeleckého školstva. Úlohou týchto škôl bolo ešte lepšie podchytiť, rozvíjať schopnosti, nadanie detí a mládeže vo všetkých odvetviach umenia hudobného, výtvarného, tanečného a literárno-dramatického. Hudobná škola v Skalici sa zmenila na Ľudovú školu umenia s jedným odborom – hudobným. Rozvoj ĽŠU prebiehal za prvých desať rokov veľmi pomaly. Bol nedostatok vhodných miestností na vyučovanie, aj nových kvalifikovaných učiteľov. V roku 1966/67 na žiadosť občanov bola vytvorená detašovaná trieda v Gbeloch, aby ich deti nemuseli dochádzať na vyučovanie až do Skalice.   

Od prvých rokov existencie ĽŠU začínali sa ukazovať dobré výsledky systematickej práce učiteľského kolektívu školy. Dobré výsledky práce jednotlivých tried umožňovali vytvorenie rôznych súborov. Mimoriadne úspechy dosahoval estrádny a cimbalový súbor školy. ĽŠU organizovala výchovné koncerty pre deti miestnych škôl i v okolitých dedinách. Sólistom školy – akordeónovému súboru, miešanému súboru i detskej cimbalovej hudbe tlieskali deti v Gbeloch, Kopčanoch, v Radošovciach i v Holíči. Najvýraznejšie úspechy dosiahla detská cimbalová hudba, keď sa v školskom roku 1966/67 umiestnila v Celoštátnom kole súťaže ĽŠU konanom v Olomouci na 2. mieste, ktorá čerpala piesne zo spevníka Dr. Janka Blahu, skalického rodáka. 

V školskom roku 1976/77 bol zriadený výtvarný odbor. V dôsledku veľkého rozvoja školy v týchto rokoch, nastali opäť problémy pre nedostatok vyučovacích priestorov. Rozšírenie školy o ďalšie odbory umožňovalo stále väčšiemu počtu žiakov rozvíjať svoje schopnosti a nadanie v rôznych oblastiach umenia.   

Nasledujúce roky boli rokmi stabilizácie učiteľských kádrov i spomínaných odborov so snahou vedenia školy zabezpečiť kvalifikované vyučovanie. Počet žiakov narástol do roku 1980 z 294 na 503. 

V roku 1986 napriek veľkej snahe vedenia školy stabilizovať kádre, nastáva odliv pedagógov i žiakov, hlavne z dôvodu osamostatnenia pobočky v Gbeloch. Napriek tomu škola pokračovala v úspešných výchovno-vyučovacích výsledkoch naďalej, čoho dôkazom je množstvo ocenení zo súťaží hudobných i výtvarných odborov, z ktorých sa vyníma 2. miesto v Celoslovenskom kole žiackych dychových súborov. 

V roku 1989 odchádza do dôchodku doterajší dlhoročný riaditeľ Petr Kreml. Vedenie školy prevzal nový riaditeľ Marek Gula. Novým vedením školy pokračuje ďalší rozvoj všetkých odborov, rozšírenie kádra pedagógov a tým aj narastajúci počet žiakov. V roku 1989 sa zriadil tanečný odbor, v roku 1991 bola založená pobočka školy v Kopčanoch, ktorá ukončila svoju činnosť v toku 1994, kedy prešla pod správu ZUŠ Holíč. V roku 1992 vznikla pobočka v Radošovciach, kde sa vyučuje v hudobnom i výtvarnom odbore dodnes. 

V roku 1990, v súvislosti so spoločenskými zmenami nastáva zmena v názve školy na – Základná umelecká škola. Od roku 1996 sa zriaďuje literárno-dramatický odbor, čím sa stáva škola plne organizovanou. Zlepšujú sa i materiálne podmienky na vyučovanie, získavajú sa a upravujú ďalšie priestory pre zvládnutie prudkého nárastu žiakov z 528 v roku 1990 na 883. Počty žiakov v jednotlivých odboroch sa každoročne zvyšujú, v školskom roku 2010/2011 to je 1520 žiakov.

Problémom školy zostáva, že jeden z najväčších a veľmi úspešných odborov – výtvarný odbor, pracuje v nevyhovujúcich priestoroch v budove Osobitnej školy, keď v súčasnosti nie je v silách vedenia školy zabezpečiť adekvátne priestory pre takmer 350 žiakov, ktorých vyučuje päť učiteliek v troch miestnostiach. Tu sa nezaobídeme bez pomoci orgánov miestnej samosprávy.

Pôsobenie našej školy v meste Skalica, ale aj širšom regióne je veľmi pestré. Účinkujú tu žiacke súbory ako dychový, cimbalový, akordeónový, gitarový, spevácky, tanečný a v poslednom čase i estrádny súbor, ktoré absolvujú ročne veľké množstvo vystúpení pri rôznych príležitostiach.  

Okrem žiackych súborov účinkujú aj súbory zložené z pedagógov ako Audite silete musica (súbor renesančnej hudby), sláčikové kvarteto, fanfárový súbor. Učitelia sú členmi ďalších súborov ako Skaličané, Univerzálny skalický orchester, členovia ZPOZ-u, spevácky zbor v Skalici a iných. 

Pôsobenie všetkých spomínaných súborov presahuje hranice skalického regiónu i Slovenska. ZUŠ v Skalici udržiava družobné kontakty so školami a súbormi v zahraničí: Gresten, Schwechat, Viedeň v Rakúsku, i so súborom v meste Kortrijk v Belgicku.